话说天河一行拜入昆仑琼华派，在某一天的夜里，天河一行跟随望舒剑的指引进入了琼华派的禁地当中。天河等人在禁地当中恰逢被困冰块当中的玄霄，通过玄霄之口，天河了解到当初人妖之间大战之时，由于天河父母逃离战场导致琼华派大败，玄霄走火入魔。天河为弥补当年的过错因此决定帮助玄霄破冰而出。
为了帮助玄霄，天河等人依照玄霄的指引前往青阳和重光两位长老处寻求天下至寒的三件宝物的线索。获得了三件宝物的线索，光纪寒图一即墨，鲲鳞- -巢湖，第三件在炎帝神农洞。
于是天河一行出发，先是前往即墨，巧遇夏元辰，帮助他找到养女后在双方交谈当中众人得知夏元辰是当地的山神，从前有过恋人却终因人神之间的寿命差距导致阴阳两隔，使得大家唏嘘不已。从夏元辰的手中获得了光纪寒图之后，天河一行在即墨逗留一夜，众人在夜里观赏着即墨海边的烟花，各自的羁绊因此逐渐加深。
离开即墨的下一站就是炎帝神农洞，在这里天河一行遇见了一个倒在一旁的女子楚碧痕，跟随楚碧痕进入月幽之境中，众人见到了楚碧痕的姐姐楚寒镜。一番交谈之下得知姐妹二人都是此地的梭罗树仙，皆是半仙之体，需要炎帝神农洞深处的“炙炎石”身合，才能真正成仙，离开此地。天河等人在拿到“炙炎石”之后，楚碧痕道出神农大帝当初创立此树之时也未曾想到会有姐妹两人产生，“炙炎石”只能让其中一人成仙，另一位只能魂飞魄散。可是楚碧痕依旧没能成仙，原来是因为成仙者不能带有私欲，楚寒镜宁愿姐妹二人永远相随也不希望一方魂飞魄散，最终连楚寒镜也魂飞魄散，众人更是感伤。
获得第二件宝物梭罗果后，第三站即是巢湖，从这里可以下潜到水中，天河等人巧遇当初帮助过的吉米等小妖，顺利获得鲲鳞。
这样一来三件神物集齐，天河与玄霄交谈一番之后返回房间，妖界运行越来越接近琼华派。忽一日，柳梦璃前来找到云天河，一番哭诉后冲进妖界。天河本欲前往却遭反击，紫英恰好前来救下天河……
仙剑四这一版在画面上做了大幅的改动，对人物形象进行了更细致的雕琢，但是由于资金等方面的问题导致一部分的支线被砍，由于出品时间已有十余年，因此在CG动画方面，以今天的视角看来已有些粗糙，但这从不影响仙剑的游戏体验感。