吉尔尼斯国王阿基巴德.格雷迈恩是位孤立主义的统治者，他看达拉然和银月城都没了，下一个就是吉尔尼斯和洛丹伦，便建造了格雷迈恩之墙抵御兽人。吉尔尼斯从此封闭。玩家可以在银松森林与吉尔尼斯的交界处看到格雷迈恩之墙。
毁灭之锤准备进攻洛丹伦。
古尔丹临阵脱逃，去海上寻找萨格拉斯之墓。他终于进入墓地，被恶魔杀死。
因古尔丹的离开，兽人力量大大削弱，毁灭之锤无力进攻洛丹伦，准备撤退。
安度因·洛萨见兽人分裂，开始反攻，一举打到了黑石塔。白银之手的一名指挥官莫格莱尼在这场战役中，被一个兽人术士尸体上的暗影水晶撕裂了右手，他把水晶收了起来。
洛萨在黑石塔战死，他的副官梅尔拉斯·图拉杨接过指挥权，将兽人赶回黑暗之门，东部王国全部收复。
暴风城重建，贵族贪污工程款，迪菲亚民工要工钱，暴动，杀掉了王妃，逃到西部荒野。即副本：英雄：死亡矿井。
人类将东部王国残余的兽人关进集中营，最大的集中营就是如今希尔斯布莱德丘陵的敦霍尔德城堡，如上所述，萨尔是战俘之一。萨尔成人后，在善良的小女孩塔蕾萨的帮忙下从监狱逃了出去。即副本：旧希尔斯布莱德丘陵。
萨尔听说有一位兽人先知叫伊崔格，便去寻找。白银之手的一位重要圣骑士提里奥·弗丁在长期观察兽人囚犯的过程中，怀疑兽人本性善良，进攻艾泽拉斯是因为什么力量。他不知道是因为恶魔之血。他抛弃了种族偏见，坚持圣光的公正不分种族，只有对错，帮助萨尔找到伊崔格。
伊崔格告诉萨尔，他父亲留下的霜狼氏族隐居在奥特兰克山中。在寻找自己氏族的路上，萨尔遇到了战歌氏族的首领格罗姆·地狱咆哮，最终找到了霜狼氏族，学会了萨满之力。
萨尔团结了霜狼兽人和战歌兽人，攻下了敦霍尔德城堡，塔蕾萨早被处死了。兽人解放。
提里奥·弗丁被徒弟告发，白银之手召开会议，乌瑟尔判定提里奥·弗丁有罪，剥夺圣骑士称号。提里奥·弗丁离开家人，隐居在东西瘟疫交接出的小屋中。萨尔、塔蕾萨、伊崔格、地狱咆哮、霜狼氏族、兽人解放、提里奥·弗丁的这部分故事参见：官方小说《血与荣耀》
弗丁的封地——壁炉谷和提尔之手传承给了儿子泰兰·弗丁。
被赶回德拉诺的兽人一蹶不振，耐奥祖看着族人受苦，自责不已。基尔加丹看到了这个机会，指使死亡骑士塔隆·血魔欺骗耐奥祖，说有一个方法能让耐奥祖打开新世界，带领人民走向美好。玩家可以在黑暗神殿中看到塔隆·血魔。
耐奥祖回到艾泽拉斯收集神器，又回到德拉诺，准备开启新世界。
洛丹伦的国王泰瑞纳斯听说耐奥祖回来收集神器，以为兽人要打下一场战争，派军队长驱直入，斩草除根。军中的五位将领就是暴风城门口的塑像所代表的人物：图拉杨、奥蕾利亚·风行者，库兰德·蛮锤、卡德加、达纳斯·托尔贝恩。
人类军队一直追赶兽人，攻到了黑暗神殿，耐奥祖这时候终于打开了新世界。
卡德加发现德拉诺不稳定了，马上就会爆炸。为了防止爆炸穿过黑暗之门毁灭艾泽拉斯，联盟五位将领一致同意，毁掉黑暗之门，与德拉诺同归于尽。
肯瑞托法师罗宁在红龙克拉苏斯的帮助下潜入格瑞姆巴托，摧毁了恶魔之魂，恶魔之魂将死亡之翼炸成重伤。
黑暗之门炸了，德拉诺四分五裂，就是现在的外域。活下来的联盟与兽人分庭抗礼，在地狱火半岛的荣誉堡的旅店中，玩家可以见到图拉杨和奥蕾利亚的 儿子，在泰罗卡森林，玩家可以看到奥蕾利亚要塞。卡德加被震入虚空，赶来的纳鲁救了他，如今，卡德加正在外域的沙塔斯城的正中与纳鲁聊天。
耐奥祖进了所谓的新世界之后，才发现自己中计了，他被基尔加丹封印在诺森德的寒冰中，变成了巫妖王。为了保证耐奥祖忠诚，基尔加丹派出恐惧魔王看守，梅尔甘尼斯就是其中之一。
耐奥祖统一了诺森德，伸手东部王国，他发现肯瑞托有一位法师叫做克尔苏加德，便召唤他到诺森德，给予力量。
克尔苏加德得到力量，返回了东部王国，组建诅咒教派，散播瘟疫。
东西瘟疫的白银之手圣骑士抵御天灾军团。玩家可以在东瘟疫看到以为自己还没死的帕米拉小妹妹，帮她找娃娃，交给她活在世上的姑姑。
为了对抗亡灵天灾，黑石塔拿到暗影水晶的那位莫格莱尼召集了一些白银之手成员：首席顾问法尔班克斯、圣骑士阿比迪斯和提里奥·弗丁、牧师伊森利 恩和奥法师杜安到希尔斯布莱德丘陵的南海镇召集会议。莫格莱尼说光是因为暗的存在才有意义，如果把圣光注入暗影水晶中，会成为神器。大家同意。
莫格莱尼到达铁炉堡，向水晶中注入圣光。铁炉堡国王铜须用这块水晶打造了灰烬使者。
艾格文复活了自己的儿子麦迪文。艾格文和麦迪文之间的母子故事，参见：官方小说《仇恨之轮》。
麦迪文变成乌鸦飞到洛丹伦警告人类，危险并不来源于兽人，而是萨格拉斯的第三次入侵，也就是天灾军团。泰瑞纳斯和其他国王根本不相信。这就是《魔兽争霸3》的开场动画。
麦迪文托梦给萨尔，告诉他必须带领新的部落越海，抵达卡利姆多。
洛丹伦王子阿尔萨斯·米奈希尔跟随老师乌瑟尔清理瘟疫，跟着阿尔萨斯的还有他的女朋友，库尔提拉斯王国的公主吉安娜·普罗德摩尔。阿尔萨斯和吉安娜发现瘟疫不仅能杀死人类，还能把他们复活成亡灵天灾，他们最终在西瘟疫之地的安多哈尔杀掉了克尔苏加德。
麦迪文找到吉安娜，让她去卡利姆多。
阿尔萨斯清理东瘟疫，到达斯坦索姆，镇民已被腐蚀。有两种解决方式，一是等待基本不可能有的解药，看着镇民变成亡灵天灾并继续散播瘟疫。阿尔萨 斯选择了后一种，将染了瘟疫的镇民全都砍死。在副本：斯坦索姆中玩家可以听到“王子发疯了！”，还可以在战斗中感受到半人半亡灵的弱小，还有纯亡灵的强 大。
吉安娜和乌瑟尔反对阿尔萨斯的右派做法。阿尔萨斯以王子身份接触乌瑟尔的圣骑士称号，吉安娜转身，阿尔萨斯柔声，不敢相信现实，喊道：“吉安娜？”吉安娜说了对不起，离开了。
阿尔萨斯继续清理斯坦索姆，发现了恐惧魔王梅尔甘尼斯。梅尔甘尼斯说，想杀我，来诺森德。见副本：旧斯坦索姆。
阿尔萨斯带领军队前往诺森德，在诺森德遇到了山丘之王穆拉丁·铜须，拿起霜之哀伤。穆拉丁·铜须被霜之哀伤震昏，醒来之后失忆，玩家可以在如今风暴群山的山顶看到失忆的山顶小部落酋长穆拉丁·铜须。
拿起霜之哀伤之后，阿尔萨斯失去了自我意志，他回到洛丹伦，刺死父亲，即《魔兽争霸3》落幕动画。洛丹伦沦陷。
伊森利恩、阿比迪斯从洛丹伦跑了出来，遇到莫格莱尼。为了继续对抗亡灵天灾，莫格莱尼、伊森利恩、阿比迪斯建立了血色十字军。
吉尔尼斯王国因为格雷迈恩之墙幸免于难。
达拉然的另一位法师阿鲁高发现了乌尔之书，他开始召唤一些心智不全的镰爪德鲁伊对抗天灾，直到丧心病狂，进入了英雄：影牙城堡。莱拉尔带领自己的镰爪德鲁伊大军从翡翠梦境中走出来，潜入了吉尔尼斯旁的黑森林泰尔多伦。
克尔苏加德告诉阿尔萨斯，为了达成巫妖王的命令，必须让自己复活。复活自己需要把骨灰放在安多哈尔的一件神器中，再把神器放进奎尔萨拉斯的太阳之井。
阿尔萨斯去抢神器，遇到护送神器的老师乌瑟尔，乌瑟尔说哪有神器，那是你爹的骨灰盒。阿尔萨斯杀了乌瑟尔，将他的灵魂吸入霜之哀伤。白银之手解散。
阿尔萨斯进攻奎尔萨拉斯，杀掉了高等精灵游侠将军希尔瓦娜斯·风行者，将她变成了女妖。奎尔萨拉斯灭亡。
阿尔萨斯复活克尔苏加德，克尔苏加德说，下一步是需要达拉然的神器——麦迪文之书。阿尔萨斯进攻达拉然，杀死了吉安娜的老师大法师安东尼达斯。
克尔苏加德召唤燃烧军团的将军阿克蒙德。阿克蒙德在转瞬间摧毁了达拉然。
萨尔到达卡利姆多，救了暗矛巨魔，森金带领暗矛巨魔加入部落，森金的儿子就是现在的巨魔首领，也是新的部落酋长，沃金；
萨尔帮助牛头人战胜半人马，并救出了牛头人酋长凯恩·血蹄的儿子贝恩·血蹄，牛头人加入部落。
格罗姆·地狱咆哮想要拿下灰谷，打不过半神塞纳留斯，只好再喝恶魔血，拿下灰谷的一部分之后，战歌氏族受恶魔血反噬，再次成为燃烧军团的奴隶。
萨尔与吉安娜对砍，麦迪文现身，告诉他们必须帮助暗夜精灵，不然世界就会毁灭。萨尔与吉安娜结盟，吉安娜帮萨尔打败战歌氏族，精华格罗姆。
玛诺洛斯看到两个兽人叛变，想要杀掉他们，格罗姆跟玛诺洛斯同归于尽。萨尔把他的尸体葬在灰谷。现在灰谷可以看到玛诺洛斯折断的巨矛，以及格罗姆的墓碑。
阿克蒙德突然感觉到了海洋另一边卡利姆多上的世界之树诺达希尔，想要独吞诺达希尔的力量，于是放弃了基尔加丹的计划，渡海。
阿克蒙德进攻灰谷，暗夜精灵唤醒了翡翠梦境中的那部分德鲁伊，最主要的当然是玛法里奥·怒风。
暗夜精灵抵挡不住，玛法里奥将囚禁了一万年的伊利丹放了出来。
灰谷沦陷，暗夜精灵退守费伍德森林。
女祭司维琳德·影歌祈求月神帮助，邪月相应，将月神镰刀给了她。维琳德·影歌召唤了镰爪德鲁伊，很快，镰爪德鲁伊不受控制了，暗夜精灵溃退海加尔山。
维琳德·影歌听说有一位叫做阿鲁高的法师也能召唤镰爪德鲁伊，为了搞清楚月神镰刀的来龙去脉，维琳德·影歌渡海到了藏宝海湾，北上达拉然，在暮色森林的罗兰之墓死掉。玩家可以在暮色森林接到这部分背景介绍的任务。
萨尔和吉安娜到达海加尔山，与暗夜精灵协防。